Nach dem Preßburger Frieden vom 27. Dezember 1805 wurde Augsburg mit Umgebung, also auch die genannten 2/3 von Pfersee, mit der Souveränität der Krone von Bayern zu einem Ganzen verbunden. Pfersee wurde dem Landgericht Göggingen zugeteilt und das Schloß zum Kgl. Rentamtssitz erhoben.
Bei der Säkularisation hatte Pfersee nicht ganz 600 Einwohner. Diese nährten sich teils von Landwirtschaft, teils von Gewerbe; namentlich stand das Uhrenmacherhandwerk in hoher Blüte. Die Juden mehrten sich und mit ihnen auch der Handel. Die Israeliten, welche sich 300 Jahre lang bald in kleinerer, bald in größerer Zahl in Pfersee niedergelassen hatten, zogen in der zweiten Hälfte des vorigen [19.] Jahrhunderts mehr und mehr nach dem nahen Augsburg oder nach anderen Städten. Die Synagoge, welche in der Leitershoferstraße – jetzt Nr. 15 – stand, wurde 1876 abgebrochen.
1812 wurde die Wertachbrücke erbaut und im nächsten Jahr der Pferseer Steg abgebrochen. In den Jahren 1836/37 und 1854 brach in Pfersee die Cholera aus, der Ort hatte damals schwer zu leiden.
In den vielen Friedensjahren, welche nach den Befreiungskriegen folgten, erholte und kräftigte sich Pfersee rasch, besonders begann für Pfersee ein neuer Zeitabschnitt nach dem glücklichen, glorreichen Kriege 1870/71. Wie in ganz Deutschland ein industrieller Aufschwung sich geltend machte, so auch im hiesigen Pfarrdorf. Nachdem schon 1866 die sogenannte große Fabrik „Spinnerei und Buntweberei“ gebaut worden war, entstanden rasch nacheinander verschiedene industrielle Anlagen. 1870/71 die landwirtschaftliche Maschinenwerkstätte der Gebrüder Demharter, 1875 die Chemische-Fabrik von Rad & Hirzl (jetzt chemische Fabrik Pfersee-Augsburg Dr. v. Rad), 1876 die sogenannte kleine Fabrik von R. Bernheim, die spätere mechanische Buntweberei von Max Triebke (nun J. P. Bemberg A.-G.), kurz danach die Süddeutsche Trikotwarenfabrik (nunmehr mechanische Buntweberei Raff & Söhne), die Trieurfabrik von Julius Preßl (jetzt Mayer & Co.), 1885 die Laubsägen- und Uhrenfedernfabrik der Firma J. N. Eberle & Co. 1887 bauten die Gebrüder Schnell die Jacquard-Weberei an der Mühlstraße (jetzt mechanische Weberei am Mühlbach), 1888 folgte die Wollwäscherei von Otto Lieb. Im gleichen Jahr entstand die Appretur- und Schlichtemittelfabrik von R. Bernheim, Färberstraße Nr. 12.
Die genannten Fabrikanlagen wurden im Laufe der Zeit durch An-, Um- und Neubauten vielfach wesentlich vergrößert und verschönert. Die neueste industrielle Niederlassung ist die Pergamentfabrik von Karl Wildbrett, der gleichzeitig eine der Neuzeit entsprechende Badeanstalt (Marienbad) eröffnete.
1888 errichtete Max Walter in Nr. 1 Stadtbergerstraße die erste Buchdruckerei dahier und gab das erste Anzeige- und Unterhaltungsblatt für Pfersee „Der Landbote“ heraus. 1892 ging die Buchdruckerei an die Herren Hieber & Bögner über; das Amts- und Anzeigeblatt kam in Druck und Verlag von L. Mayer in Lechhausen. Als 1898 A. Hieber die Buchdruckerei allein übernahm, brachte er die Herausgabe des Amts- und Anzeigeblattes für Pfersee und Umgebung in seinen Verlag.
Dem Bau der Fabriken folgten ebenso rasch verschiedene andere Neubauten. Ganze Straßen wuchsen wie aus der Erde und mit ihnen hob sich die Bevölkerung so schnell, daß die alten öffentlichen Gemeindeanstalten nicht mehr genügten. Die Bevölkerungszunahme innerhalb 100 Jahren zeigt folgende Zusammenstellung: Als Pfersee unter die Bayerische Herrschaft kam, [1802] zählte es ungefähr 600 Einwohner. 1822 umfaßte es 114 Haupt- und 16 Nebengebäude, etwa 196 Familien mit 778 Seelen. Bis in die sechziger Jahre gab es beinahe keine Mehrung; denn 1862 der Ort nur etwas über 800 Bewohner.
Der Entwicklung der Industrie in den letzten 4 Dezennien folgte eine rasche Steigerung der Bevölkerungszahlen.
- 1871 betrug die Seelenzahl schon 1854, also eine Zunahme von circa 1054 oder 131,75 % innerhalb nicht ganz 10 Jahren.
- 1875 waren es 2884 Einwohner. Zunahme in 4 Jahren 1030 oder 55,67 %.
- 1880: 3370 (+486 oder 16,87 %).
- 1885: 4169 (+799 oder 23,41 %).
- 1890: 5333 (+1161 oder 27,60 %).
- 1895: 5751 (+461 oder 7,90 %).
- 1900: 7013 (+1262 oder 21,95 %).
- 1905: 8589 (+1576 oder 22,48 %).
Am 1. Dezember 1905 hatte Pfersee in 2001 Haushaltungen 4172 männliche und 4417 weibliche Einwohner. Nach den Religionsbekenntnissen verteilen sie sich so: 7327 sind Katholiken, 1193 Protestanten, 23 Israeliten, 21 Reformierte und 25 gehören verschiedenen Religionsgemeinschaften an.
Das rasche Wachsen der Einwohnerzahl verlangte auch eine Mehrung des Seelsorgepersonals. Am 1. September 1890 kam Herr Joseph Helmer als 1. Kaplan hierher. Im August 1904 wurde die 2. Kaplaneistelle errichtet. Die Größe der Kirche entspricht schon lange nicht mehr der kath. Seelenzahl. Um ein neues Gotteshaus in absehbarer Zeit zu bekommen, wurde 1892 unter Herrn Pfarrer Dirr, welcher 23 Jahre dahier wirkte, durch Gründung des Kirchenbauvereins der Anfang zu einem Kirchenbaufond gemacht. Genannter Verein kaufte unter seinem Vorstande Herrn Pfarrer Anton Schwab, welcher am 30. November 1893 dahier seine Seelsorgertätigkeit begann, das Anwesen Nr. 33 in der Augsburgerstraße und damit wurde auch die Lage der künftigen Kirche bestimmt.